MİSYON
Bilimin nesnelliğini benimseyen, ulusal bilince sahip, araştırıcı, sorgulayıcı, üretken, akla ve bilime saygılı, çözümleyici ve bütünleştirici düşünce yapısına sahip, insan ve çevre haklarına duyarlı, evrensel hukuka saygılı, yaratıcı ve yenilikçi, ayrıca Atatürk İlkelerine bağlı bireyler yetiştirmek; eğitim-öğretim, araştırma-geliştirme ve bilimi yayma etkinlikleri aracılığıyla Türk toplumunun teknolojik, sosyo-ekonomik ve kültürel düzeyinin yükseltilmesine, insan sağlığının iyileştirilmesine, insan ve çevresel haklarının geliştirilmesi ve korunmasına, topluma hizmetin yaygınlaşmasına katkıda bulunmaktır.

VİZYON
Uluslararası bir marka olarak ileri sağlık uygulamalarının her alanında bilimsel üretime dayalı üst düzeyde öğretim yapan ve bunu çağdaş medeniyet çizgisinin üzerinde yer alma yolunda toplumsal katma değere dönüştürerek sunan bir yuva olmaktır.

DEĞERLER
Akıl ve Bilim, Bilimsel Üretkenlik, Kurumsal Gelişim ve Kurum Kimliği, Çalışma Disiplini, Toplumsal Hizmet, Nesnellik, Ulusaldan Evrenselliğe Ulaşmak, Sürekli İyileştirme, Paydaşlarla İşbirliği ve Takım Ruhu, Yaratıcılık ve Yenilikçilik.

Başkent Üniversitesi misyonunu en etkin şekilde gerçekleştirmek üzere üç stratejik faaliyet alanı tanımlanmıştır;
1. Bilimsel üretim,
2. Öğrenmeyi mükemmelleştirmek,
3. Toplumun gereksinimlerine yanıt vermek.